Mit ihrem Sitz in der Mainmetropole Frankfurt am Main steht die Jüdische Akademie in der Tradition des Freien Jüdischen Lehrhauses und wirkt als intellektueller Mittel- und Anziehungspunkt sowohl für Juden aus Deutschland und Europa als auch für Mitglieder anderer Religionsgemeinschaften, die an jüdischen, interkulturellen, interreligiösen oder universellen Fragestellungen interessiert sind. Sie greift als eigenständige Institution im Rahmen des Zentralrats der Juden in Deutschland öffentliche Diskurse auf oder initiiert sie und verleiht somit der jüdischen Stimme in Deutschland ein erkennbares Profil.
Eine zentrale Programmschiene wird sich der deutsch-jüdischen Geschichte sowie der Geschichte der Vernichtung des europäischen Judentums und seiner Renaissance zu widmen haben. Nach wie vor wird die deutsch-jüdische Geschichte in der Öffentlichkeit mehr beschworen, als dass sie bekannt ist und obwohl die Jüdischen Museen mit ihren Ausstellungen hier schon viel verändert haben, ist der Öffentlichkeit noch zu wenig bekannt, dass die Geschichte der in „Aschkenas“ lebenden Juden ein integraler Teil der deutschen Geschichte ist.
Das, was gemeinhin als Aufarbeitung der Shoah bezeichnet wird, ist historisch noch bei weitem nicht ausreichend erforscht. Wichtige Fragen – etwa danach, was die Deutschen „wussten“, bzw. wie sich der Widerstand zur Judenvernichtung verhielt – sind nach wie vor, gerade ihrer besonderen moralischen Bedeutsamkeit wegen, hoch umstritten und die Frage, ob und was von diesem furchtbaren Geschehen Kindern und Jugendlichen vermittelt werden kann, ebenfalls Gegenstand intensiver fachpädagogischer Diskurse.
Die Unterstützung und Begleitung der Erforschung transgenerativer Tradierung extremer Traumata innerhalb der jüdischen Gemeinschaft wird weiterhin für die Arbeit und das Selbstverständnis der Jüdischen Akademie von besonderer Relevanz sein.